在自然环境中采集的外植体表面会携带大量的微生物，如果处理不当会造成培养基污染，进而造成培养失败。因此在合适的季节、合适的母株、选择好合适的外植体材料后需要对其进行相应灭菌处理。
一、组培中常用的消毒试剂
消毒剂使用浓度/％消除难易消毒时间/min灭菌效果次氯酸钠2易5－30很好次氯酸钙9－10易5－30很好漂白粉饱和溶液易5－30很好升汞0.1－1较难2－10最好酒精70－75易0.2－2好过氧化氢10－12最易5－15好溴水1－2易2－10很好硝酸银1较难5－30好抑菌剂2-5中30－60较好
二、消毒方法
（一）、流水冲洗，将采集来的植物材料除去不用的部分，把材料切割成适当大小，即灭菌容器能放入为宜。置自来水龙头下流水冲洗1---2小时（可以加入吐温等表面活性剂提高清洗效果），冲洗时间视材料清洁程度而定。易漂浮或细小的材料，可装入纱布袋内冲洗。流水冲洗在材料污染严重时特别有用。
（二）、材料灭菌，在超净工作台上，首先使用酒精对待处理的材料进行表面浸润（由于酒精的穿透力强，不同的材料应注意控制浸润的时间）。然后使用选定的杀菌剂进行材料的灭菌处理。不同的材料、不同的灭菌剂灭菌是时间不同。应该通过试验进行摸索调整。具体操作程序为：
把流水冲洗过的材料转放到已灭菌的培养瓶中，然后倒入选好的消毒溶液，轻轻搅动培养瓶，促进材料各部分与消毒溶液充分接触，驱除气泡，使消毒彻底。到时间后把消毒液倒入已准备好的容器内，要注意不要使材料倒出，倾净后立即倒入无菌水，轻搅涮洗。根据材料及选用的消毒液决定冲洗时间和次数。
（三）、无菌水冲洗
使用事先准备好的无菌水对材料进行涮洗，涮洗时间为每次2---5min左右，同时视采用的消毒液种类，涮洗3-l0次左右（对于容易去除的消毒液冲洗3---5次即可，对于较难去除的消毒液应冲洗8---10次）。无菌水涮洗作用是免除消毒剂杀伤植物细胞的副作用。
三、注意事项：
1、灭菌时间是指从倒人消毒液开始，至倒入无菌水时为止。一定要记录时间以便于比较消毒效果及以后试验条件的调整。
2、有时需要在灭菌溶液中加吐温-80等表面活性剂，这些表面活性剂主要作用是使药剂更易于展布，更容易浸人到灭菌的材料表面。但加入后对材料的伤害也在增加，一定要注意用量和灭菌时间，一般来讲表面活性剂加入灭菌液的量不得超过0.6%。
3、酒精的渗透性很强，幼嫩的材料容易在酒精中失绿，所以浸泡时间不可过长，防止酒精杀死植物的组织细胞。
4、除氯化汞可短期内贮用外。其他灭菌剂应在使用前现配现用。
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